Структурними підрозділами НРЦ «Левеня» є:
І відділення: ЦРВ (центр раннього втручання), у складі якого працює патронажна служба (відвідання сімей вдома).
ІІ відділення: дошкільні групи (10-ти годинні, короткотривалі) для осіб із складними порушеннями розвитку (п.4.1 даного Статуту), та осіб, які не мають складних порушень розвитку (п.4.2 даного Статуту) з денним (5-ти денним) перебуванням;
ІІІ відділення: початкова школа для осіб із складними порушеннями розвитку (п.4.1 даного Статуту) та для осіб, які мають порушення інтелектуального розвитку (п.4.2.2 даного Статуту) з денним (7-ти денним) перебуванням;
ІV відділення: початкова школа для осіб, які мають порушення зору (п.4.2.1 даного Статуту) та осіб, які мають порушення опорно-рухового апарату (п.4.2.3 даного Статуту) з денним (7-ти денним) перебуванням;
V відділення: реабілітаційне відділення для осіб раннього, дошкільного та шкільного віку з особливими освітніми потребами, що є учнями (вихованцями), які здобувають освіту в НРЦ та змінним контингентом (особами до 18 років з особливими освітніми потребами, які не здобувають освіту в НРЦ, але отримують у ньому реабілітаційні, психолого-педагогічні та корекційно-розвиткові послуги (допомогу).
VІ відділення: відділення медичної реабілітації для осіб раннього, дошкільного та шкільного віку з особливими освітніми потребами, що є учнями (вихованцями), які здобувають освіту в НРЦ та змінним контингентом (особами до 18 років з особливими освітніми потребами, які не здобувають освіту в НРЦ, але отримують у ньому реабілітаційні послуги (допомогу).
VIІ відділення: консультативний центр, де отримують консультації сім’ї осіб раннього, дошкільного та шкільного віку з особливими освітніми потребами, що є учнями (вихованцями), які здобувають освіту в НРЦ та змінним контингентом (особами до 18 років з особливими освітніми потребами, які не здобувають освіту в центрі, але отримують у ньому реабілітаційні, психолого-педагогічні та корекційно-розвиткові послуги (допомогу).
VIІІ відділення: пансіон.
ІХ відділення: інформаційно-технічний підрозділ.